批判演绎法，建立归纳法是该书的主要内容。中世纪的经院哲学歪曲利用了亚里士多德的三段式演绎法，成为论证神学攻击真理，阻碍科学发展的工具，因此受到培根的批判。他指出，演绎法脱离经验，从概念到概念，不能给人们扩大和提供新的知识，只能引起无聊的争论，“归纳的漩涡”，只能用归纳法来取而代之。
　　他认为，归纳法与演绎法有三点不同：①目的不同，演绎法的目的是为神学做论证，归纳法的目的是为了探索自然，支配自然。②解证的次序不同，演绎法是从一般到个别，归纳法是从个别到一般。③研究的起点不同，演绎法的起点是未经证明的公理，或是有含糊不清的词语组成的命题，归纳法则是以科学实验和经验事实作为起点和基础，归纳法是认识真理，探索自然奥秘的唯一科学方法。
　　以批判经院哲学为目的的四假相说是该书的又一重要内容。他指出，经院哲学给人们带来许多偏见和错误，阻碍人们对自然的认识，必须加以清除。他把这些偏见和错误称之为假相。他提出有四种假相，即种族假相，洞穴假相，市场假相，剧场假相。四假相说从认识论的高度批判了经院哲学，充分强调科学的意义和作用，是贯穿全书的一条主线和指导思想。
　　《经典通读》，一套将经典学术巨著进行全新通俗化编译的丛书，旨在引领读者轻松快速阅读学术经典，从而普及对人类影响深远的社会科学、自然科学的名家名著。
　　《新工具》试图为近代新兴的自然科学制订一套正确的方法，对近代科学产生了深远的影响。