山本五十六原姓高野，1884 年4 月4 日生于新县长冈市，其父高野贞吉是一个破落的士族，多年担任小学校长。山本五十六是他的第六个儿子，因为这一年正值高野贞吉56 岁，因而得名“高野十六”，1916 年高野五十六继嗣长冈名门山本家，从此改姓山本。

1890 年3 月，山本五十六入阪上小学，开始了学校生活。在学校，他一心扑在学习上而无心他顾，所以学习成绩一直很好，在同级生中成绩经常是名列前茅，每年都能得到学校的奖励。1896 年4 月，山本五十六小学毕业，升入长冈中学。当时，长冈藩武士为了培养可造就的“人才”，于1875 年创建了一个育英事业团体——长冈社，专门用来资助那些有希望进一步升学，可造就为天下有用之才。山本五十六以优异成绩小学毕业后，长冈社便决定对他进行资助，资助的经费是一个月1 日元。就这样，山本便依靠长冈社的资助上了中学。虽然长冈社资助的金额并不多，5 年合计不过60 日元，但对山本却是一种莫大的刺激。他在上中学的几年里，一直非常节约，大部分教科书都是由他自己抄写的，5 年的时间里，他仅穿了一套校服，回到家马上脱下，穿上他母亲用粗布做的衣服，同时、进入长冈中学的山本五十六，由于受到浓烈的武士道精神教育，已大大改变了只知道用功的“书虫”形象，开始更多地关心外界事物。他更加注意锻炼身体，每天早上跑步到学校，利用学校的单杠、木马等体操器械进行锻炼。结果，体育成绩上去了，文化课成绩却下降了。在各项体育活动中，他的体操、棒球在长冈中学都是很有名的，而文化课成绩则从过去的第一名降到十几名，尽管有人说，他7 岁是秀才，到了15 岁就成了蠢才，但他从不力自己辨解。沉默而显得有些木讷的山本五十六在军国主义思想的熏陶下，已暗下决心为自己定下了目标，即当一名拓展日本帝国疆土的海军军官。

这时，整个日本国内到处都充斥加强军备，准备再战的空气，军国主义思潮大泛滥。军人这个职业备受青年学生的青睐。1900 年秋，山本在毕业的前一年，主动写信给在江田岛海军学校上学的长冈中学毕业生加藤哲平，询问有关海军学校的情况。加藤哲平给他回信介绍了当年在吴镇守府海军演习的情况，并说新中学毕业生在海军学校有6 人，而长冈中学只有之人，非常希望像他这样的有志青年能报考海军学校。从这时起，山本五十六便开始作报考的准备了。

1901 年，山本中学一毕业，便为报考海军学校作积极的努力。为了能够考上海军学校，实现自己的愿望，山本专门跑到姐姐家躲在一间小屋里刻苦复习。山本只有这一个姐姐，比他大18 岁。山本很小的时候，就非常讨姐姐的喜欢，姐姐自出嫁后一直没有生孩子，因而对山本更是爱护备至。她听山本说要报考海军学校后，非常支持他的选择，并清扫了一个多年不用的房间供他使用。经过几个月的刻苦学习和充分准备，山本顺利地通过考试，他拿到录取通知书时，高兴的快要跳起来了，兴奋的几乎几个晚上不能入睡。