《仁学》上卷，先是宣扬仁以通为第一义，破人我界，破名教，是宣扬平等。其次讲仁的不生不灭，破生死界，破对待，破亲疏分别，提倡兼爱，是宣扬博爱。其三是宣扬维新，强调革新，崇奢黜俭，要求动反对静，宣扬资产阶级的观点。其四部分反对封建伦常，要破除封建等级制度，宣扬资产阶级民主。
　　《仁学》下卷先是批封建专制主义，反对民族压迫，其次批三纲的罪恶，宣扬科学民主，这两部分是宣扬资产阶级民主。其三是提出以心力挽劫运，是唯心的空想，但这里要求破除我执，打破人我的界限，具有平等思想。其四讲进入大同，是唯心的，但含有人人得自由的思想。
　　在五光十色的闻见博杂之学掩盖下面，《仁学》的内容，就是用资产阶级的博爱、平等、自由和资产阶级的民主来冲决封建专制主义，冲决民族压迫，冲决封建伦理的三纲五常，用科学来反对追求利禄为封建统治服务的俗学，替早期《新青年》提出的科学和民主开了先声。由于他对清朝封建专制主义的黑暗顽固腐朽有深刻的认识，对封建伦常的毒害有深切的感受，所以在抨击封建专制主义、抨击封建伦理方面，极为深刻，比早期《新青年》上的批孔深刻得多。
　　当时，资产阶级思想的种种缺点已经暴露，维新派也看到了一些，这在《大同书》里有反映。因此，他们在用资产阶级思想来反对封建思想时就想到要避免这些缺点。他们对资产阶级的种种缺点并没有真正认识，所以只能用空想社会主义的大同说来幻想一个大同世界，最便于驰骋这种幻想的是宗教，所以《大同书》和《仁学》里都宣扬了佛教的幻想。我们可以透过这种幻想来看到他们追求博爱、平等、自由的真实思想。虽然资产阶级的博爱、平等、自由是虚假的，但是他用博爱、平等、自由来冲决封建专制主义和封建伦常，在激烈的反封建专制主义这点上，有它的进步性，这是《仁学》的主要成就。
　　谭嗣同杂糅儒、释、道、墨各家和西方资产阶级自然科学、社会政治经济学说，形成了独特的哲学体系。
　　他认为世界是由物质的原质所构成，其本体是“仁”，世界的存在和发展都是由于“仁”的作用，故称他的哲学为“仁学”。
　　“仁”是万物之源，它“以通为第一义”。而“以太”则是沟通世界成为一个整体的桥梁。“以太”构成万物的本质，充满宇宙之间，自然界和人类社会的—切现象，都是从“以太”派生出来，并成为“以太”的一部分。认为“以太”本身是“不生不灭”的，宇宙间各种事物，只有“变易”，没有“存亡”；只有“聚散”，没有“生灭”。肯定了自然界和人类社会不是静止的、停顿的，而是不断运动、变化和发展的，批判了“天不变，道亦不变”的封建顽固思想。从变易中论证其改革社会制度的政治理想。
　　他认为封建“名教”是维护专制主义的精神支柱，从而猛烈抨击三纲五常“钳制天下”，杀人“灵魂“，惨祸烈毒达于极点，号召人们冲决君主、伦常、利禄、俗学、天命、佛法等封建网罗。
　　指斥二千年来封建专制制度为“大盗“之政，专制君主是“独夫民贼”，一切罪恶的渊薮。宣传“君末民本”的民权说，认为“君”不过是“民”根据需要所共举，“君”如不能为“民”办事，亦可共废，否定了“君权神授”。
　　书中表同情于太平天国农民革命运动，痛恨曾国藩及湘军的暴行。
　　但《仁学》杂糅科学与宗教、唯物与唯心， 因而在理论上和实践上都表现出自相矛盾的情况。