如此之策，几年过去了，并没能剿灭捻军，但是也把对方突驰自由的优势给消耗掉了不少。由于手下兵将皆赞成他的这一屯防政策，称为"不苦战而苦奔逐"，他就试图修一道从山东张秋到江苏淮阴清江浦的长墙，借运河地理，加大围困力度。工程正实施间，捻军突然大规模向河南西部与湖北东部迅速转移。曾国藩则将主力稍稍西移，以沙河、贾鲁河为势，开挖壕沟以破坏对方的游击优势。不期，此计刚施，又有一股捻军杀回黄泛区。曾国藩面对此局，仍不改围困之策。
　　当时批评之声四起，称"国藩计迂阔"。迂阔归迂阔，但别人也拿不出什么更高的招数来。
　　对于朝野上下的批评，曾国藩也玩起了手腕：先是装病请假，而后又申请以病身退休，声称"以散员留军中效力"。朝廷知道他是耍态度，绝不批准其退休申请。为了让朝廷彻底委他以全权处置的权力，他又申请削封爵，即不当"一等毅侯"了，朝廷当然是更不批准了。
　　同治五年（1866）冬天，朝廷考虑曾国藩的精力不济，乃命回任两江总督，由在他门下发迹的李鸿章代他剿匪。李鸿章虽有朝廷各路援军为助，但其基本战略仍未改曾氏之法，一年多一点的时间平定了东捻军，在扬州杀了太平军遗将（封遵王）、东捻领袖赖文光。
　　对于剿灭西捻，李鸿章一如师法，设堵重围，他称：以前东捻在黄河以南，所以扼守黄河以北的重镇，运河以西的防线，有可能将捻军逼入大海；现在，西捻在黄河以北，若守不住张秋，就无法形成合围之势。
　　张秋到临清的运河河岸有二百四十多华里的距离，地形为黄河水倒灌冲积成的平原。因此，李鸿章下令在平原上开挖专渠，将黄河水引入运河，以防止西捻东犯山东以及北攻天津的企图。与此同时，又下令在沧州南面沿减河（今名南排河）筑土墙，作为羁绊西捻骑兵北上的第二手准备。
　　西捻军在重重封锁之下，终于失去了东奔西突、南攻北蹿的优势，同治六年（1867）五月，其主力被政府军压缩在了山东荏平境内的广平镇附近的低洼地带。此处系黄河九大分支故道之一的徒骇河、黄河及运河交错地形，河汊多、水浅又流急、淤泥较深，不利于展开骑兵作战。捻军步骑合同的战术优势全部丧失，政府军以绝对优势兵力合围，将西捻军一举歼灭。
　　西捻军领袖张宗禹杀出重围，但已经没再起的本钱。他是张乐行的侄子，经过十五年的反抗，终至销声匿迹，或云投河自杀，或云投匿民间而不知所终。但是，无论起初的"十八辅"捻军还是后来两分的东西捻军，都大大地消耗了大清帝国的国力。似乎它就是僧格林沁那匹跑疲之后又陷入重围的宝马良驹，死期将至。
　　捻军，只是帝国内乱的一部分。它久被历史所忽视，盖因为太平天国运动声势盖过了它。而与此同时，贵州的苗民、陕甘地区的回民此起彼伏的反政府活动也在进行着。
　　就在西捻军被平定后的两年半之后，同治九年（1870）春正月，以破捻有功而升任广东陆路（军）提督的刘松山阵亡了。
　　刘松山于同治八年（1869）奉左宗棠之调去甘肃平定回民武装叛乱，颇有功劳。第二年，又往陕西去围攻金积堡的叛乱武装。当地回民武装首领马化隆迫于政府军压力，表面替各支地方武装与政府军讲和，暗中却挖开秦堤，水淹政府军。刘松山早有准备，因为当初马化隆缴枪缴马时，上交的全是破枪废马。在刘松山亲临战场督阵时，一颗炮弹飞来，打中了左胸，刘松山当场毙命。其实，即使刘松山不死于该次战斗，也说不定哪天也会死于部队的哗变。不是吗？一年前，他的部队中就发生了哥老会成员叛乱的事件，另一位提督高连升（一作"高连生"）还有几位部将被叛乱分子杀了。
　　弱者为乞丐，强者入伙党
　　刘松山所部的高连升被哗变的士兵杀死，已是以老湘军为骨干的驻防陕西绥德政府军的第二次叛乱。两次发动兵变的核心分子都湘军中的哥老会成员。他们之所以发动兵变，主要原因是政府入拨给的军粮和工资迟迟不能到位。且不说家有妻儿老小的士兵惦念家里揭不开锅，就是明天的前景也未可卜料，所以恨不能每天都能拿到该拿的粮饷。另一个重大因素是兵丁与军官的收入差距太大。据当代清史学者彭先国引述日本学者资料，表明：兵丁与军官收入的差距表面是十七倍，实际上能达到六十七倍的样子。悬殊的收入差距，政府方面的财政困难被夸大，再加上军中腐败传统未绝，兵丁们心中有气难消，总得找机会发泄。