延安整风运动是在毛泽东的亲自领导下渐次展开的，可仅仅依靠他一个人，还不能够确保运动全面、有序地进行，他还需要一些助手，也需要在既有的领导机构之外，成立某些新的临时机构来领导运动。众所周知，党的正式的领导机构是中央政治局和中央书记处，然而当时这两个机构的组成人员都是在过去历史的基础上产生的，在整风开始后，政治局和书记处的绝大多数同志虽已表态支持毛泽东的有关整风的部署，但是，对于一些过去犯过严重路线错误的同志，认识和改进自己的错误需要一个过程，而且他们犯过路线错误的事实，也使得他们不适合再来领导运动，所以必须成立一个由毛泽东亲自领导的、新的一元化的机构来落实毛泽东对整风运动的部署。1942年后，政治局和书记处开会的次数大为减少，周恩来、彭德怀等一些政治局委员也不在延安，在理论上属于政治局领导，新成立的中央总学委就成了领导运动的最重要机构。中央总学委由毛泽东任主任，康生任副主任。1942年底，刘少奇从苏北返回延安。1943年3月，中央领导机构进行了重大改组，原来的一些书记处成员的职务被停止，毛泽东成为政治局主席和书记处主席，刘少奇成为中共第二号人物，实现了以毛泽东为核心、以刘少奇为第一助手的中央一元化领导体制。
与斯大林以肉体消灭为主的党内斗争的模式相区别，毛泽东领导的整风强调以思想学习来推动思想和政治态度的转变，和斯大林相比，毛泽东更善于交替使用“教育”与“外力推动”两种方法。毛泽东进行党内斗争方法的多样化，不仅说明毛泽东的思想和政治水平的高超，更主要是因为40年代毛泽东的政治目标与斯大林完全不同。斯大林是在苏共执政的条件下，为强化自己的领袖地位而施用专政力量，毛泽东政治上的首要目标则是清除党的领导层中的教条宗派力量，转换全党的俄化的精神气质，确立毛泽东思想在全党的指导地位，进而争取抗战胜利后取代国民党，建立新民主主义的国家。在中共尚未在全国执政的条件下，为了达到这一目标，必须将党内的思想斗争控制在一定范围内，而主要依靠自己的路线、方针乃至作风及风格来吸引、教育广大党员和群众。其次，诉诸教育手段也是中国儒家传统的基本范式，它具有易于被人接受的亲和性。借用中国传统的若干概念和方法，再融之以列宁主义的内容，基本可以达到转换人的思想意识的目标，从而避免了单纯使用强力手段可能给党带来的损害。正是基于这种考虑，发动全党思想改造——学习毛泽东的论述和经毛泽东审定编辑的有关文件，才成为整风初期的中心任务。
中共中央通令全党在整风运动中必读的文件通称“二十二个文件”，但在1942年4月3日颁布的《中共中央宣传部关于在延安讨论中央决定及毛泽东同志整顿三风报告的决定》中，仅规定了18个文件为必读文件，在这18个文件中有2份是斯大林的作品。4月16日，中宣部又增添4份必读文件，除1份为季米特洛夫的论述，其他3份均为斯大林、列宁的论述，这样就正式形成了“二十二个文件”。
“二十二个文件”的重大意义在于，它以学习毛泽东的论述为中心，结束了党内长期存在的、脱离中国革命实际的、对马克思列宁主义经典著作漫无边际的泛泛学习，给全党提供了一个学习和思考的范围。现在主要是由毛泽东，而不是由王明等人，对马克思列宁主义作出权威性的解释，从而把全党的思想纳入到毛泽东所指明的方向。
如果与整风运动中后期大规模的审干、肃奸、抢救斗争相比，整风运动发动之初的干部学习文件的活动就称得上是“和风细雨”。其间，自毛泽东发表演说和传达毛泽东的报告后，延安的干部们的思想十分活跃，出现了一段“自由化”时期，但为时不久，以王实味《野百合花》为典型的“矛头向上”的风向就被迅速扭转。3月下旬，总学委紧急刹车，开始部署对王实味的“反击”。中宣部“四三决定”更具体落实总学委的战略意图，明确强调广大中下层干部也和高级干部一样，同属整风对象，参见《中共中央宣传部关于在延安讨论中央决定及毛泽东同志整顿三风报告的决定》（1942年4月3日），载《中共中央文件选集》(1941—1942)第13册，第364—365页。并宣布研究文件的时间为5个月。4月18日，康生在中共中央直属机关和军委直属机关干部大会上作学习“四三决定”的动员报告，在这次有2000人参加的大会上，康生要求各机关成立学习分委员会，由该组织统一领导各单位的运动。